Im Jahre 1876 wurde der Bockenheimer Diakonissenverein gegründet. In der Falkstraße eröffnete er fünf Jahre später ein Krankenhaus mit 15 Betten.

1928 entstand daraus das Markus-Krankenhaus mit 174 Betten. Mit seinen sechs Stockwerken galt es als Hochhaus. Die technische Ausrüstung im Bereich Röntgen, Labor, Sterilisation ebenso wie in Küche und Wäscherei war für damalige Zeiten sehr modern.

Im Krieg wurde das Krankenhaus fast vollständig zerstört. Der Wiederaufbau war 1951 abgeschlossen.

In der Wilhelm-Epstein-Straße in Ginnheim wurde 1958 der Neubau eröffnet. 1976 schloss man das Haus in der Falkstraße und verlegte die restlichen Abteilungen nach Ginnheim.

Seit 1978 ist das Markus-Krankenhaus Akademisches Lehrkrankenhaus der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt und zwischenzeitlich auch der Evangelischen Fachhochschule Darmstadt und der Universität Pécs in Ungarn - Fakultät für Gesundheitswissenschaften.

Mehrere Erweiterungsbauten wurden in den achtziger und neunziger Jahren in Betrieb genommen. 1998 eröffnete man die Klinik für Psychiatrie mit angeschlossener Tagesklinik.

2007 wurde auf dem Gelände des Markus-Krankenhauses ein öffentlich zugängliches Parkdeck und das so genannte Versorgungszentrum fertiggestellt. Dort sind in dem neben Verwaltung, Küche und Apotheke der Frankfurter Diakonie-Kliniken auch die Pathologische Gemeinschaftspraxis Frankfurt am Main untergebracht.

Zur Optimierung von Arbeitsabläufen werden jetzt sowohl die Zentrale Liegenaufnahme als auch die Notfallambulanz vom 1. Obergeschoss in das Erdgeschoss verlagert und zwei neue Bettenstationen geschaffen.

Dadurch können die derzeit noch im Schöndube-Haus an der Ginnheimer Landstraße untergebrachten teilstationären Dialyseplätze der Medizinischen Klinik II (Nephrologie, Hochdruck- und Gefäßerkrankungen) in das Haupthaus umziehen. In der weiteren Planung soll das Schöndube-Haus abgerissen und durch einen Bettenneubau ersetzt werden, der später die Medizinisch-Geriatrische Klinik beherbergen wird.